Come ha detto giustamente sicanos qualche post più indietro,è vero che l'iniezione patisce problemi con la pompa,ma non è detto che sia per forza lei a causare le martellate che provengono dal filtro dell'aria.
Questo "scoppio" è provocato nella maggior parte dei casi da una cattiva combustione,quindi un rapporto aria benzina errato.
Fermo restando che tutto può accadere,conosco Vara con oltre 100k km alle quali non è mai stata toccata la carburazione o l'allineamento dei corpi farfallati.
Detto questo,secondo me la prima cosa da fare è partire dall'analizzare le cose meno invasive,quindi inizierei con il controllare la guarnizione dello scarico del cilindro posteriore,che intorno ai 25k km si brucia,creando spesso il fenomeno citato e subito dopo,come correttamente detto da giò58,se si è cambiato il filtro aria,dare un'occhiata al serraggio e condizioni del tubicino di recupero gas posto sotto il serbatoio.
Al 95% è la guarnizione dello scarico,la pompa di solito da altri problemi e soprattutto a caldo.........